当前，中国污水处理行业市场存在的主要问题有相关政策、法规体系尚不完善；城镇污水处理正处于行政管理体制的转型阶段，与市场化的要求还有一定的差距；部分城市污水处理厂的经营、监督主体混淆不清；收费制度实施不到位；投融资体制亟待完善；地方配套的污水收集管网建设滞后，污水收集率低，很多城镇污水处理厂的水量水质与设计要求相差较大；对企业排污监督制度的不完善，部分工业企业存在不达标排放甚至偷排现象，对城市污水处理厂水质形成很大的冲击，影响污水厂的正常运行。
为推动中国污水处理行业的健康发展，必须完善各种排污收费、污水资源化监督管理等的法制规范建设；推行循环经济发展模式，在工业企业的新建和升级改造时采用BAT技术，实现原材料的减量化、再循环、再利用，以“污水资源化”为基本，从源头上减少污水及污染物的产生量；促进污水处理行业的产业化、市场化，在政府的培育、引导、监督下，推动污水处理和再生水回用的产业化发展；施行科学合理的运营管理体制，积极推行PPP、BOT、ABS和“一体化”运营模式；加强政府部门、企业自身、社会公众的参与监督意识；设立环保基金用于处理突发污染事件和对废弃工业企业遗留污染的治理。